02 THE KNOWLEDGE TREE

把进展放回技术脉络.

按领域、技术路线、核心技术三层浏览。每类说明关键区别,并关联已收录的模型、平台与评测方法,让相近技术的边界更清楚。

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  • L1生物数据科学Biological Data Science01

    解析已有测量数据:识别细胞状态,连接不同数据中的信息。

    • L2细胞表征与解析Cell Representation & Analysis01

      从观测数据学习表示,支持细胞注释与整合;不等同于预测干预后的反应。

      • L3
        单细胞表示学习

        学习基因与细胞表示,支持多种单细胞分析任务。

        区分特点:主要交付观测数据的表示与解析结果,而非指定干预后的响应预测。

  • L1分子设计与优化Molecular Design & Optimization04

    面向靶点与分子候选:决定研究谁、评价候选,再提出新设计。

    • L2靶点证据整合与排序Target Evidence & Prioritization01

      整合疾病与遗传证据,确定优先验证的干预对象。

    • L2结构预测与评测Structure Prediction & Evaluation02

      研究给定分子的结构与结合方式;将预测方法和独立评测分别呈现。

      • L3
        复合物结构预测

        预测蛋白质与其他生物分子构成的复合物结构。

        区分特点:交付结构预测本身;评测类交付对预测质量的独立评价,生成设计类提出新候选。

      • L3
        蛋白质–配体盲测

        用隐藏实验结果评价结构预测,区分评测方法与被测模型。

        区分特点:通过对参测者隐藏实验参照来检验泛化能力;本类评价模型,不产出预测模型。

    • L2生成式分子设计Generative Molecular Design01

      围绕设计约束提出新候选,交付可进一步验证的结构方案。

      • L3
        蛋白骨架生成

        用生成模型提出蛋白质骨架,生成后仍需序列设计与实验验证。

        区分特点:设计对象是新的蛋白骨架,区别于预测给定序列的结构、生成小分子或优化已有序列。

  • L1细胞与系统建模Cell & Systems Modeling00

    预测干预后的细胞响应或随时间变化的动态过程。

    尚未收录技术条目。

  • L1科研流程与自动化Research Workflows & Automation01

    组织研究任务与工具执行,交付可追溯的计算流程和研究材料。

    • L2科研智能体工作流Scientific Agent Workflows01

      连接证据检索、软件与计算工具;只有连接真实实验反馈后才属于实验闭环。

      • L3
        科研工作流编排

        组织检索、计算与研究材料产出,保留工具调用和证据链。

        区分特点:主要组织数字研究任务的执行,区别于直接预测生物对象,也未必连接真实湿实验。

FOUNDATIONAL KNOWLEDGE

从这里,深入一层.

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